法務局に以下の照会をして回答をもらいました。
（電話で済むかと思いましたが、書面で照会してほしいとなりました）
照会事項
＜件名＞地方税法３４８条１項該当の土地の価格について
マンションの敷地権 ２筆（１番１の土地、１番２の土地）
うち１筆（１番２の土地）が、「地上権」で、神戸市所有のため地方税法３４８条１項該当で評価額がありません（０円になっています）。
（１番１の土地は所有権で、評価額あり）
登録免許税算出のための、１番２の土地の価格ですが、
１番１の土地（もしくは近傍類似地）を基準として、平米単価を出し、
それを１番２の土地の地積に掛けて、評価額を算出するで、よいかと思いますが、
念のため照会いたします。
公衆用道路のように１００分の３０を乗じたりはしない。
なお、今回、相続を原因として所有権移転登記を申請します。
→回答 貴見のとおり
地方税法第348条
市町村は、国並びに都道府県、市町村、特別区、これらの組合、財産区及び合併特例区に対しては、固定資産税を課することができない。
なお、地上権の相続を原因とする移転登記の登録免許税の税率は、（所有権の場合は１０００分の４ですが）１０００分の２になります。
ちなみに、地上権の相続ではなく、売買の場合は、１０００分の１０になります。
