商業登記法規則第６１条第６項
代表取締役又は代表執行役の就任による変更の登記の申請書には、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める印鑑につき市区町村長の作成した証明書を添付しなければならない。ただし、当該印鑑と変更前の代表取締役又は代表執行役（取締役を兼ねる者に限る。）が登記所に提出している印鑑とが同一であるときは、この限りでない。
一 株主総会又は種類株主総会の決議によつて代表取締役を定めた場合 議長及び出席した取締役が株主総会又は種類株主総会の議事録に押印した印鑑
二 取締役の互選によつて代表取締役を定めた場合 取締役がその互選を証する書面に押印した印鑑
三 取締役会の決議によつて代表取締役又は代表執行役を選定した場合 出席した取締役及び監査役が取締役会の議事録に押印した印鑑
この規定の但し書き
ただし、当該印鑑と変更前の代表取締役又は代表執行役（取締役を兼ねる者に限る。）が登記所に提出している印鑑とが同一であるときは、この限りでない。
これはどういう意味か？
適用要件
変更前の、法務局へ印鑑を届けている代表者が
当該、（あらたに代表者を）選定した決定機関に出席しており（出席できる者であるのが前提）、
当該議事録、互選書に、その法務局への届出印を押印している
この要件を満たせば、他の記名押印については実印でなくてもよい（認印でもかまわない）。
例えば
例１
取締役Ａ・Ｂ・Ｃ
定時総会の終結時で取締役のＡ・Ｂ・Ｃが任期満了退任
新たにＢ・Ｃ・Ｄが選任される（Ａは退任、ＢとＣは再選、Ｄは新任）
その後の取締役会（出席者は、Ｂ・Ｃ・Ｄと監査役のＥ）でＢが代表取締役に選任される。
このケースでの役員変更登記で必要とされる取締役会議事録の押印は？
Ｂ・Ｃ・Ｄと監査役のＥ全員が個人の実印を押印し、個人の印鑑証明書の添付が必要
Ａは取締役を退任しており取締役会に出席できないため、
取締役会に出席しているＢ・Ｃ・Ｄと監査役のＥ、全員が取締役会議事録に個人の実印を押印し、個人の印鑑証明書の添付となる。
新しい代表取締役Ｂが新たに法務局へ届出る印鑑を押しても適用はない。
たとえ、その印鑑がＡが届出していた印鑑と同じであっても適用はない。
Ａは退任しており、出席権限がないから、仮にＡが届出印を押しても適用はない。
但し書きの適用なし
例２
取締役Ａ・Ｂ・Ｃ
定時総会の終結時で取締役Ａ・Ｂ・Ｃが任期満了退任
新たに取締役Ａ・Ｂ・Ｃが選任される（全員再選）
その後の取締役会（出席者は、Ａ・Ｂ・Ｃと監査役）でＢが代表取締役に選任される。
このケースでの役員変更登記で必要とされる取締役会議事録の押印は？
前の代表者Ａが（平の）取締役として会社実印（Ａが法務局に届出していた印鑑）を押印すれば、他の者は認印でもかまわない。
但し書きの適用あり
例３
取締役Ａ・Ｂ・Ｃ 監査役Ｄ
新たに取締役Ｂ・Ｃ・Ｅ、監査役としてＡが選任される（ＢとＣは再選、監査役はＤからＡに交代）
その後の取締役会（出席者は、Ｂ・Ｃ・Ｅと監査役のＡ）でＢが代表取締役に選任される。
このケースでの役員変更登記で必要とされる取締役会議事録の押印は？
前の代表者Ａが（出席）監査役として会社実印（Ａが法務局に届出していた印鑑）を押印すれば、他の者は認印でもかまわない。
但し書きの適用あり
＊取締役・代表取締役が退任後、監査役に就任するのは特に禁止されていない。
＊なお、監査役の監査の範囲が会計に関するものに限定された会社の監査役については、取締役会への出席義務はないけれども、出席した場合（任意に出席はできる）は、議事録への記名押印義務は生じる。
例２や例３の場合、平の取締役や監査役が会社実印（届出していた印鑑）を押印することについては違和感がありますが、この但し書き適用のためにはそうすることになります。
なお、例１のような（代表）取締役が退任し交代してしまう（会社の役員ではなくなってしまう）ケースでも、株主総会で代表取締役を選定する場合（取締役会を設置していない会社（定款に互選規定なし）や、取締役会設置でも定款で代表取締役を株主総会で選定できると定めている場合）、その株主総会に変更前の代表取締役が出席し、その株主総会議事録に法務局への届出印を押印している場合は、但し書きの適用があります。
一般社団法人でも同様になります。
取締役＝理事
代表者取締役＝代表理事
監査役＝監事
取締役会＝理事会
なお、清算人の就任による変更登記には、この規定の適用はありません。また、清算人については、商業登記規則第６１条第７項の適用もなく本人確認証明書は不要
特定非営利活動法人（ＮＰＯ法人）の理事長の変更 - 司法書士とくの日記（ブログ）
