不動産の所有権移転登記
車庫の住宅用家屋の減税適用の有無
http://www.amy.hi-ho.ne.jp/sakai-siho/jyuutaku.htm
例えば
同じ一棟の建物のマンションで、
家屋番号 １１１番１の２２２が居宅
（２階部分）で、
家屋番号 １１１番１の１２が車庫
（地下１階部分、持分６分の１など他の人と共有）
となっている場合
この居宅と車庫をいっしょに購入
（いっしょに移転登記する場合）
この場合、居宅については適用ありとして、
「車庫部分」についても
住宅用家屋の減税の適用があるかどうか？
（他の要件は満たしているとして）
１個の建物で、
居宅・車庫となっている場合は、
全体に住宅用家屋の減税適用はあるが、
このように別々の建物になっている場合はどうか？
西宮市役所と、神戸地方法務局西宮支局に
問い合わせたところ、
車庫については「適用なし」の回答がありました。
市役所の方では最初、車庫も含めて
住宅用家屋証明書を発行してもよいような
ニュアンスでしたが、
その後、法務局とも打ち合わせしたようで、
書籍「登録免許税の軽減のための住宅用家屋証明の手引き」には
http://d.hatena.ne.jp/tokucyan-siho/20080905
「１個の建物として・・・登記する場合に限り」（P.48）
という表現があり、
また、別の家屋番号が付いている車庫については、
明確な基準がある訳ではないので、
結論として、「別建物になっている（別の家屋番号が付いている）」
場合は「適用なし」になったということです。
（市役所、法務局によって取り扱いは異なるかもしれません）
（追記）
マンションがらみの記事
敷地権付区分建物（マンション）の
移転登記に際して取得した評価証明書に、
規約共用部分の建物（例えば電気室、管理人室など）の評価が
別途出ている場合（敷地の土地の評価証明書に記載されていたりする）
最近の評価証明書は、専有部分の建物の評価として、
規約共用部分・法定共用部分を含めた床面積で
１つの評価額が出ているものが多いと思うが、
比較的古いマンションで規約共用部分の建物につき、
別途、評価を出している場合がある。
この場合の登録免許税の計算は、一般的に以下のとおりである。
別途出ている規約共用部分の建物（例えば電気室など）の評価額を
「敷地権割合」で按分し、
その額を移転登記しようとする専有部分の建物の評価額に加え、
これを課税価格とする。
住宅用家屋の減税は、規約共用部分を含めてすべてに適用がある。
（http://www.amy.hi-ho.ne.jp/sakai-siho/jitumumemo.htm
の８）
（さらに追記）
しかし、マンションに車庫部分があり、
それが規約共用部分となっておらず
（登記の表題部に年月日規約設定 共用部分となっておらず）、
居宅部分と別途独立した建物として所有権移転登記をする場合は、
前記の問題が生じ、この車庫については、住宅用家屋の減税の
適用がなしになったりする。
（この辺は共用となっている場合と比較すると不公平な感じはする）
なお、この別途独立した建物の車庫部分についても、
他に電気室、管理人室などの規約共用部分があり、別途評価が
出ている場合は、居室と同様、その（車庫の）敷地権割合で案分して
計算をする（車庫に適用なしであれば、
この部分についても住宅用家屋の減税なし）。
（さらに追記）
役所によっては、評価証明書の評価額が、
すでに敷地権割合で案分された評価額となっている場合もあるので注意。
登録免許税の計算は複雑になるケースがあり、
登記の見積りでは、見積りだけで一仕事終えたような
感じになるときもあります。
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私道の登録免許税
http://d.hatena.ne.jp/tokucyan-siho/20170428
