今回、新しいWindows11のパソコンを購入して、この新しいパソコンで登記のオンライン申請と、PDFファイルに電子署名できるようにしました。
前、Windows7から、新しいWindows10のパソコンにした際と、同じつまづきをしましたので、（概略ですが）備忘録として記載しておきます。
まず、申請用総合ソフトを使えるようにします。
＜申請用総合ソフトの導入＞
このサイトから申請用総合ソフトをダウンロードするのですが、その前にすることがあります。次の１から３（サイトに詳しく載っています）
１、信頼済みサイトへの登録
コントロールパネルを開き、「ネットワークとインターネット」→「インターネットオプション」→セキュリティから
２、ポップアップブロック機能の設定
コントロールパネルを開き、「ネットワークとインターネット」→「インターネットオプション」→プライバシーから
３、安全な通信を行うために必要な証明書の確認
ここは、前は「政府共用認証局の自己証明書の確認」でしたが、変更されています。
→変更 平成31年3月18日お知らせ
セコムパスポート for Web SR3.0が発行する証明書に変更
コントロールパネルを開き、「ネットワークとインターネット」→「インターネットオプション」→コンテンツの証明書から確認できる
（すでにインストールされていました。もし、されていない場合は、ダウンロード、インストールが必要になります）
平成31年3月18日(月)
【重要】登記・供託オンライン申請システムの暗号化通信に用いる証明書の更新について
政府認証基盤（GPKI）の更改に伴い，登記・供託オンライン申請システム（以下「本システム」という。）の暗号化通信に用いる証明書を，政府共用認証局（アプリケーション認証局2）が発行する証明書からセコムパスポート for Web SR3.0が発行する証明書に変更しました。
ご利用の端末に，セコムパスポート for Web SR3.0の自己署名証明書がブラウザに登録されていない場合，以下の事象が発生することがありますので，必要に応じてセコムパスポート for Web SR3.0の自己署名証明書の登録状況をご確認いただき，登録されていない場合は登録していただきますようお願いします。
○ 申請用総合ソフト
・ログインの操作が通信エラーとなる。
・申請書の送信及び処理状況の更新等ログインが必要な操作が通信エラーとなる。
○ ホームページ，かんたん証明書請求，供託かんたん申請，オンライン登記情報検索サービス
・ブラウザのセキュリティ警告メッセージが表示される。
お使いのPCに，セコムパスポート for Web SR3.0の自己署名証明書がインストールされているかについては，次の方法で確認できます。また，証明書が真正なものであることを確認するため，証明書のフィンガープリントについても確認してください。
なお，この証明書は，Microsoft Windows 11，10 又は 8.1をご利用の方は，通常，申請用総合ソフト又はかんたん証明書請求でログインした際やオンライン登記情報検索サービスを表示した際にブラウザにより，自動的に取得し，登録されます。
コントロールパネルを開き，「ネットワークとインターネット」→「インターネットオプション」をクリックします。
「コンテンツ」のタブから「証明書（Ｃ）」をクリックし，「証明書」画面を表示する。
「信頼されたルート証明機関」のタブをクリックし，発行先，発行者が「Security Communication RootCA2」，フレンドリ名が「SECOM Trust Systems Co Ltd.」となっている自己署名証明書を選択し，右下にある「表示（Ｖ）」ボタンをクリックする。
証明書の拇印が画面に表示されますので，この値（フィンガープリント）が正しい値であることを確認します。文字列が下記と同じであるか確認してください。確認後，「ＯＫ」ボタンをクリックし，画面を閉じます。
“5f 3b 8c f2 f8 10 b3 7d 78 b4 ce ec 19 19 c3 73 34 b9 c7 74”
（40文字）
そしてサイトから
４、「申請用総合ソフト」をダウンロード、インストール
申請用総合ソフトのデータ移行（「ShinseiyoSogoSoft」フォルダに保存されています）は、ツール→オプション→ファイルパス設定のところで簡単に行うことができます。
余談・・・ 税金の申告で、e-Tax ソフト（WEB 版）を利用する場合ですが、事前準備について「事前準備セットアップ」というものがあり、以下のものが一括でできるようになっています。登記の申請用総合ソフトも、このようにしてもらえれば楽になります。
・信頼済みサイト及びポップアップブロックの許可サイトの登録
・帳票表示モジュールのインストール
・ルート証明書のインストール
・署名モジュールのインストール
・JPKI 利用者ソフトのインストール
e-Taxソフト(WEB版)を利用するに当たって | 【e-Tax】国税電子申告・納税システム(イータックス)
５、セコムの電子証明書を利用する場合
日本司法書士会連合会の「司法書士電子証明書サービスホームページ」にアクセスして
「電子証明書管理ツール」のインストール（電子証明書の表示やPINコードの変更などができます）
→日本司法書士会連合会の「司法書士電子証明書サービスホームページ」へ
「電子証明書用各種ツール」で電子証明書管理ツールがダウンロードできるようになっている
「セコムパスポートfor G-ID 自己署名証明書」のインストール
→日本司法書士会連合会の「司法書士電子証明書サービスホームページ」へ
「各種申請書・規定」で自己署名証明書がダウンロードできるようになっている
この辺はよくわからなかったので、セコムトラストシステムズ株式会社 CAサポートセンターへ、メールで質問しました。
質問
司法書士電子証明書サービスホームページの各種申請書・規定に、「セコムパスポート for G-ID 自己署名証明書」があります。 第３世代や第４世代などあるのですが、 これはインストールする必要がありますでしょうか？ 自己証明証明書というもの自体よくわかっていませんが、 インストールする必要があるのかどうか？ インストールするとして、どれをすればよいのか？
回答
〇〇様 平素は大変お世話になっております。 セコムトラストシステムズ株式会社 CAサポートセンターです。 お問い合わせをいただき、誠にありがとうございます。 自己署名証明書は元々パソコンに入っているものではなく 「セコムパスポート for G-ID」の電子証明書を 新しいパソコンに初めてインポートする際に、自動でインストール画面が表示されます。 インストール画面に従って操作を進めていただければ問題ございません。 （既にパソコンに「セコムパスポート for G-ID」の自己署名証明書が インストールされている場合、上記画面は表示されません） 第3世代・第4世代については、電子証明書の発行日によって対応するものが異なり 会員様がご利用中の電子証明書ですと、「自己署名証明書 第4世代(G4)｣」が適合いたします。以上、よろしくお願いいたします。
再質問
ありがとうございます。 すでに電子証明書は取得済み（通常タイプ）で別のパソコンで利用する場合、 司法書士電子証明書サービスホームページの各種申請書・規定のところから、 「自己署名証明書 第4世代(G4)｣」をインストールすればよいということでよろしいでしょうか？
回答
〇〇様 平素は大変お世話になっております。 セコムトラストシステムズ株式会社 CAサポートセンターです。 ご返信をいただきましてありがとうございます。 はい、仰せのご対応で問題ございません。 以下URL内【自己署名証明書 第4世代(G4)】をインストールください。 https://repository.secomtrust.net/PassportFor/G-ID/ また、自己署名証明書 第4世代(G4)のインストールされる際の手順を 記載いたしますのでご参考になれば幸いです。 【インストール手順】 1.上記、自己署名証明書第4世代（G4）」より ［自己署名証明書]リンクをクリックして、任意のフォルダへ｢保存｣をします。 2.保存をしたファイル（g-idca04.cer）を開き ｢証明書のインストール（I)｣をクリックし、案内に従い完了画面まで実施ください。 (証明書のインポートウィザードが開きますので｢次へ（N)｣-｢次へ（N)｣-｢完了｣-｢OK｣をクリックします) 以上で操作は完了です。よろしくお願いいたします。
（これですると、中間証明機関にインポートされる。参照でインポートするストアを、信頼されたルート証明機関にすると、そこにインポートされる。この辺はまったくわからん）
次に・・・
＜ＰＤＦファイルに電子署名が可能なようにする＞
１、ＰＤＦファイル作成ソフト（SkyPDF Professional for Legalなど）の導入
私は、SkyPDF Professional for Legalを利用
→SkyPDF Professional 2016 for Legalのインストール（SkyPDFSetup.exeをクリック）
２、リーガルの電子認証キットＰＲＯをインストール（LAuthPro.exeをクリック）
インストール後に起動してバージョンアップすることができる（ver.4.00.01→4.2.0に）
PDF設定でプラグインのインストールをする
ここで躓きました。
リーガルの電子認証キットＰＲＯで、SkyPDFプラグインをインストールしようとすると「登録するフォルダを確認できません」とか
電子署名をしようとすると「タイムスタンプの環境設定がされていません」とか（・・・イライラ）
リーガルに電話 06-6940-3440
すると・・・「SkyPDF Professional 2016 for Legalは、Windows11に対応していません」ということ（前回もSkyPDF Professional for Legalが古いもので、Windows10に対応していないということで、同じだったのを思い出しました・・・）
バージョンアップ版（SkyPDF Professional７ for Legal）を新たに購入
あらためてインストールをする。
→リーガルの電子認証キットＰＲＯを起動
[PDF設定]より、「SkyPDF プラグインをインストール」をクリックします。
（インストールしたソフトのプラグインを選択してインストールします）
→SkyPDF Professional７ for Legalを起動
ツール→環境設定
電子署名の作成のところで、SKYCOM LegalSign Signatureを選択
常に使用するにチェックを入れ、適用を押す。
これでできるようになりました。
追
電子署名の方法
SkyPDF ProfessionalのPDFファイルに署名する方法
なお、セコムの司法書士用電子証明書はカードではなく、ファイルになります（通常タイプ、通常フォルダ利用タイプを利用しています）。
PDF文書の上のバーにあるボールペンの絵（署名）をクリック、PDF文書の適当な個所でドラッグ（クリックしてカーソルを動かして離す）、画面が出るので、署名情報選択、ファイル（PKCS#12形式）で決定、PKCS#12形式、参照で（司法書士電子証明書の）保存箇所にいき保存している司法書士電子証明書（・・・・・.P12）を選択・開く、パスワード（PINコード）を入力、署名内容を入力、印影作成、電子署名ボタンをクリック、保存
